在全球性的大灾难“第二次冲击”过后，人类于废墟之上重建家园。当十五岁的男孩钢真嗣满怀期待地等候着他父亲碇元渡的迎接之时，眼前的一幕令他震惊无比—这是一个史无前例的战场。“使徒”，这种巨型生物正与军队展开激战。危机时刻，隶属NERV的干员葛成美里迅速救援了真嗣，并将其送往由其父直管的NERV总部基地。

以主角安久为中心，展现了一群战斗少女们的故事。故事讲述了掌控高级信息科技“玛娜”的人类如何使用这一力量击败地球上的冲突、饥饿及污染，进而实现了理想中的和平社会。然而，作为皇室首屈一指的公主安久丽莎由于无法施展这种魔法，只得成为一名普通的士兵，并被派遣到遥远的海岛，和其他的女孩一同操作能够变形为人形状

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当安娜·新谷（由池田艾来莎扮演），像往常一样坐在大学四年级的教室里上课时，她注意到对面过道的一名学生正认真地看着她。这让安娜感到非常不安。向朋友们求助后，她意识到整间大礼堂里的人都在盯着她看。面对如此多异样目光，安娜十分惊恐并迅速离开了教室。同时，在走廊内，她也能感受到其他同学的目光紧随其后。回到家

我的同班同学石川月菜是位吸血鬼。尽管她外貌帅气又充满 mystery ，但在吸取血液这方面显然不太擅长……?。

小智（松本梨香 配音）及其同伴们在海上遇上了强风暴后漂到了橘子群岛中的亚西亚岛上，正好赶上一场即将举行的大庆典，并偶然遇见了庆典上的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉指派小智作为这次庆祝活动中关键的角色“指挥者”，前往第三个神圣岛屿寻找散布在那里的一颗水晶球；若能找到其余两块神秘宝石并汇集起来，便

《新世纪福音战士》首部剧场版包括“DEATH篇（死亡篇）”及“REBIRTH篇（新生篇）”，其中“死亡篇”是基于前24集的重剪合并而成；而“新生篇”则接续第24集的情节推进故事发展。